Snak

Generelt tilpasser virus sig til det miljø den skal leve i. Når den skal leve i et miljø med antistoffer, ser Covid-19 ud til at reagere overraskende ens, hvilket bestemt kunne tyde på at det ikke er tilfældigt.

Hvad betyder det, at virus ikke muterer tilfældigt? Har den ´programmeret´ i sin RNA-kode, at den skal agere på en bestemt måde, hvis virus er i et bestemt miljø - eller møder anti stoffer?

Den oprindelige SARS virus var slet ikke så modstandsdygtig - og gik nærmest ´i sig selv´ igen.

Meget interessant ifht. mutationen E484K. Kan du anbefale nogle kilder i den retning?

Her er en preprint fra et hold brasilianske forskere:
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.01.27.426895v1.full

Even as an independent evolutionary event, the potential fixation of mutations such as E484K across lineages may indicate active mechanisms of adaptive selection

Ifht. E484K mutationen - mon ikke der mere er tale om en favorabel / mere sandsynlig udvikling relativt til virusets oprindelige struktur (evt. relativt til værten) mere end en egentlig (selekteret) tilpasning til omgivelserne?

Med andre ord - mon ikke blot det er udtryk for de kemiske forbindelser, der mødes, i dette tilfælde virus og vært (typisk lungerne), som øger chancerne for givne strukturelle ændringer af virus fremfor andre.

Grundlæggende ved man det ikke endnu, men det at man nu har set samme mutation udvikle sig uafhængigt af hinanden, i en mindst fire forskellige variantstammer, gør at der spekuleres rigtig meget i retning af evolutionær tilpasning. Det kan være enormt vigtigt i vores måde at forudse escape-mutationer, og få tilpasset vacciner på, ja, teknisk kan det så gøres på et par timer.

En lille bonus jeg ikke har fulgt op på, men som jeg lige kom i tanke om nu vi er ved det her:

Jeg læste en læge der i sommers fremsatte hypotesen at det også kunne være en del af vores immunforsvars angreb på virus, at gå ind i viruscellerne og forcere mutationer for at bekæmpe den.
Om der er noget i det, aner jeg ikke, så det skal tages med et gran salt, men det lyder sgu specielt.

Hvad betyder det, at virus ikke muterer tilfældigt? Har den ´programmeret´ i sin RNA-kode, at den skal agere på en bestemt måde, hvis virus er i et bestemt miljø - eller møder anti stoffer?

Teknisk set er virus darwinisme i sin sandeste form. Survival of the fittest, og de mutationer der bedst tilpasser sig sin vært, er dem der overlever. Almindeligvis skyder mutationerne rundt til højre og i vest. Når den så møder et miljø med antistoffer, vil nogle få mutationer klare cuttet, og blive en del af såkaldte escape-varianter, og langt de fleste dør ud.

Ved at man nu har set flere eksempler på at den nøjagtigt samme mutation udvikler sig uafhængigt af hinanden, i vidt forskellige variantstammer (senest nogle få tilfælde af B.1.1.7 i Storbritannien), begynder man nu at spekulere i en reel evolutionær tilpasning. At virus i stedet for at skyde vildt omkring sig, helt specifikt reagerer på det miljø de er i.

I det specifikke tilfælde E484K, byttes E (glutaminsyre) på plads 484 ud med K (lysin), og det resulterer i at virus så binder et andet sted på vores receptorer, og skaber en markant stærkere binding.

Den oprindelige SARS virus var slet ikke så modstandsdygtig - og gik nærmest ´i sig selv´ igen.

SARS´ store problem (og vores held), var at den var ret nem at inddæmme, fordi man ikke var smitsom før man fik symptomer, og smitsomheden først toppede sammen med symptomerne, i uge to af infektionen.

Så man isolerede alle med symptomer, i de lande den spredte sig, og så fik man slået den ned ret hurtigt.

Kære Jens


Tak for svar.

Når du kigger nøgternt på det - er det ikke noget, der kunne tyde på, at Sars CoV-2 er dyrket i et laboratorie - og ikke stammer direkte fra naturen?

Jeg spørger på baggrund af nogle af virussens egenskaber, og det faktum, at den næsten har form af ´super-virus´, der synes ´at være et skridt foran´.

Sars virussen er tidligere sluppet ud af et kinesisk laboratorie. Plus at Frankrig og forskersamfundet var dybt dybt bekymrede over, at der skulle ligge to niveau-4 laboratorier i Wuhan - hvor også amerikanerne i flere år havde panderynker over forholdene og sikkerheden.

Jeg har delt denne første gang i december 2019:

https://www.nature.com/news/inside-the-chinese-lab-poised-to-study-world-s-most-dangerous-pathogens-1.21487

Når du kigger nøgternt på det - er det ikke noget, der kunne tyde på, at Sars CoV-2 er dyrket i et laboratorie - og ikke stammer direkte fra naturen?

Jeg spørger på baggrund af nogle af virussens egenskaber, og det faktum, at den næsten har form af ´super-virus´, der synes ´at være et skridt foran´.

Jeg er slet ikke kompetent nok til at sige hverken fra eller til, når det kommer til oprindelse og den slags. Der er ingen tvivl om at SARS-CoV-2 er et virus hvis lige vi aldrig set i mennesker, så spekulationerne er lige for.

Generelt er man meget sikker på at virus stammer fra flagermus. Det er vejen fra flagermus til menneske, der er tvivl om, og som WHO´s team så sent som den anden dag, stadigvæk ikke er i stand til at kortlægge. De kom dog frem til at det er usandsynligt at den skulle være sluppet ud fra det omtalte laboratorium.

Om man så vil vælge at stole på WHO, må være op til den enkelte.

Jeg ved dog at spekulationerne uden tvivl vil fortsætte så længe man ikke kan kortlægge virus´ vej fra flagermus til mennesker.

Tak for svar, Jens..

Jeg har svært ved at tror på, at der ikke er tale om andet en tilfældige mutationer - selvom det tilsyneladende teoretisk peger i den retning.

Med et samlet antal Sars-Cov2 nukleotider på 30.000, og en mutationsrate på 30-0.03 per celle infektion (1), og 1.000-100.000 inficerede celler per bære (2), så har vi teoretisk set 3000 mutationer per bære.

Med 107.492.901 bekræftede bærere, så har vi pt. en teoretisk mutations incidens på ca. 300 milliarder (i mennesker), men det dækker slet ikke den teoretiske mulighed for antal mutationer i nukleotid sekvensen. Så der må altså være noget, der fordrer bestemte mutationer frem for andre, hvis de samme mutationer observeres uafhængigt (da det ikke blot kan forklares v. selektion), som Jens´ indlæg indikerer.

Full disclosure - kilderne er ikke valideret, så ovenstående beregning er et blot et forhåbentligt sigende regne eksempel.
(1) https://jvi.asm.org/content/84/19/9733
(2) https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7685332/

Ps. Der er i øvrigt flere virologer, der har være ude at informere om, at den med meget lille sandsynlighed er menneskeskabt
Se evt. her: https://www.livescience.com/coronavirus-not-human-made-in-lab.html.

Det er lidt ærgerligt, at bedst som vi stort set har fået banket spredningen af den "originale" Coronavirus i bund, så har den britiske B117-variant fået godt fat på verdensplan.

I USA estimeres det, at den vil være den dominerende variant fra omkring midten af marts og frem (og så ikke ét ord her om den californiske mutation, som lige nu giver amerikanerne bange anelser), i flere europæiske lande vil dette scenario formentligt indtræffe noget før. I Danmark vil det formentlig ske i februar.

Og det er præcis grunden til, at vi endnu ikke kan slække på nedlukningerne. SSI estimerer, og det kan man så tro på eller lade være, at R skal ned på 0.7 for at vi kan holde B117 fra at sprede sig ukontrollerbart.

Alt det kan man læse mere om her:
https://www.sciencemag.org/news/2021/02/danish-scientists-see-tough-times-ahead-they-watch-more-contagious-covid-19-virus-surge

“All eyes are on Denmark right now”

Hvis vi lige strammer balderne indtil vi har bedre styr på B117, og flere folk vil være dækket af vacciner, så tror jeg, vi går en sommer i møde måske ikke med fester på spanske strande og Roskildefestival, men med grillaftener i haven, åbne butikker, biografer etc, børn og andre tilbage på skolebænkene og tilskuere på tribunerne. Men formentlig et nyt normal; noget med lidt mere afstand, lidt bedre (hånd)hygiejne, måske stadig krav om masker på indendørs offentlige steder og andet, der giver mening.

Der er i hvert fald rigtig meget der peger i retning af meget mere målrettede mutationer end hvad vi er vant til. Det er helt vanvittigt fascinerende, hvis vi nu rent faktisk for første gang ser reel adaptiv selektion i virusmutationer. Men det er til gengæld også en grund til at vi for alt i verden skal passe på at åbne op før vaccinerne er udrullet.

For at skabe et miljø med buldrende samfundssmitte på den ene side, og én stor petriskål af vaccinerede som virus kan eksperimentere på, kan så meget nemt blive den hurtigste og sikreste vej til mutationer og varianter der undviger vaccinerne.

Jeg har ikke læst publikationen bag det her, endnu, men det kunne i hvert fald give endnu et peg i retning af at mutationerne er imponerende målrettede. Det er omkring patienten med nedsat immunforsvar, og hvordan man, ved at sekventere prøverne løbende, fandt man at virus muterede ekseptionelt hurtigt og aggressivt.

https://www.npr.org/sections/goatsandsoda/2021/02/05/964447070/where-did-the-coronavirus-variants-come-from

Jeg kopierer noget af det vigtige, til de folk der ikke vil læse det hele. Men spekulationen om at mutationerne måske udvikler sig i folk med nedsat immunforsvar, og så spreder sig derfra er interessant. Det kan i bund og grund give en Ping? Pong!-process, der hjælper virus til at tilpasse sig, fordi immunforsvaret ikke er stærkt nok til at slå den ned.

Throughout the man´s infection, Li and his colleagues ran an illuminating experiment. Every few weeks, the team extracted coronavirus from the man´s body and sequenced the virus´s genome.

Li couldn´t believe what they found. "I was shocked," he says. "When I saw the virus sequences, I knew that we were dealing with something completely different and potentially very important."

The sequences showed Li and his team that the virus was changing very quickly inside the man´s body. The virus wasn´t picking up just one or two mutations at a time. But rather, it acquired a whole cluster of more than 20 mutations. Scientists had never seen SARS-CoV-2, the coronavirus that causes the disease COVID-19, mutate so quickly during the whole pandemic.

"Toward the very end of his life, he was treated with monoclonal antibodies, from Regeneron," Li says. "And shortly thereafter, we saw evidence that suggested the virus was developing resistance or escaping from these antibodies as well."

Scientists in the U.K. and South Africa announced they had detected new variants of the coronavirus. These variants were causing huge surges of COVID-19 in these countries.

When researchers looked at the genes of these variants, guess what they found? A cluster of mutations that looked remarkably similar to the mutations found in the virus from the Boston patient. The sets of mutations weren´t exactly identical, but they shared important characteristics. They both had about 20 mutations, and they shared several key ones, including a mutation (N501Y) known to help the virus bind more tightly to human cells and another mutation (E484K) known to help the virus evade antibody detection.

Ps. Der er i øvrigt flere virologer, der har være ude at informere om, at den med meget lille sandsynlighed er menneskeskabt
Se evt. her: https://www.livescience.com/coronavirus-not-human-made-in-lab.html.

Linket er dødt. Spørgsmålet er også, hvad der forstås ved menneskeskabt. Jeg tror ikke, at kineserne har arbejdet med genteknologi og skabt vira i reagensglas og petriskåle (selv om kineserne i høj grad arbejder med genspeljsning og genteknologi).

Men det er et faktum, at de har haft hestesko-flagermus under luppen i laboratoriet og undersøgt deres bakterie- og virakultur. Der er adskillige videoer på YouTube, hvor forskere er ude og hente disse flagermuse ude i huler i ødemarken og transporterer dem til laboratorier - også til Wuhan.

Et af laboratorierne i Wuhan ligger et stenkast fra det famøse vådmarked. Det er ikke utænkeligt, at vira er hoppet fra flagermus og over tit et værtsdyr - og videre til et menneske. Altså ved et uheld.

Det er sevlfølgelig ren spekulation. Men det gavner ikke kinesernes sag, at har lagt så mange sten og benspænd i vejen for forskerdelegationen fra WHO. Af to omgange.

Allerede januar og februar 2020 begyndte kinserne på et meget grundigt oprysningsarbejde, der kan have slettet/sløret sporene til den oprindelige smittekilde.

EDIT: Det har sikkert været nævnt - men i England har de nu også opdaget stærke mutationer af den oprindelige britiske mutation.

Personligt tror jeg at en hemmelig gruppe af konspirationsteoretikere står bag pandemien..... Deres mål er at bevise at konspirationsteorier kan være sande....

Er der ikke bare en tendens i vores natur, at vi vælger de forklaringer, som er mest dramatiske , frem for de forklaringer, som er mest sandsynlige